Neo nem halt meg. A Mátrix működik, de megújult, erősebb és biztonságosabb, mint valaha. Az élet megy tovább. Vannak hősök, akik képesek a feltámadásra. Vannak szörnyű erők, amelyek ellen mindig újra harcba kell szállni. És van néhány nagy titok, amelynek segítségével a hősök vállalhatják a harcot, és szembeszállhatnak azzal, aki/ami az elpusztításukra tör. Legfeljebb maguk sem értik, hogy történik mindez.